王海明¹ , 阮成江^1* , 梁玖华² , 韩平¹ , 闫蕊¹ , 董旭¹ , 刘祾悦¹ , 帅小春¹ , 刘贺贺²

1 大连民族大学, 资源植物研究所, 生物技术与资源利用教育部重点实验室, 大连, 116600; 2 铜仁科学院梵净山生物资源研究所, 铜仁, 554300
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 24 篇   
收稿日期: 2018年09月27日    接受日期: 2018年10月31日    发表日期: 2019年11月14日

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梵净山重楼(Paris polyphylla Smith var. chinensis)是中国重要的中草药之一。本研究利用 MISA 软件从重楼块根高通量转录组数据库的 38 802 条 Unigenes 中共搜索挖掘出 6 333 个 SSR 标记。66.76%的二核苷酸重复是这些 SSR 标记的主要重复类型，然后是 18.77%的三核苷酸重复、11.50%的单核酸苷酸重复及2.97%的四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。在所有被功能注释的 Unigenes 中，481 条 Unigenes 涉及调控重楼皂苷、黄酮、种子萌发和种子生长发育，从这些 Unigenes 共搜索挖掘到 90 个 SSR 标记。通过对这 90 个SSR 标记的有效性验证，获得具有清晰扩增条带的 SSR 标记 20 对。以选取的 14 份重楼种质为材料，对扩增出清晰条带的 20 对 SSR 标记进行多态性检测后，获得 16 对具有多态性的 SSR 标记引物。引物多态性信息含量指数(polymorphism information content, PIC)介于 0.067~0.561，平均值为 0.293；14 个重楼种质聚类在两个不同类群。本研究结果可为梵净山重楼种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种提供 SSR标记。

重楼(Paris polyphylla Smith var. chinensis)；RNA-seq；SSR 标记